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Pruebas de amplificación
de ácidos nucleicos

Resumen científico

Mothershed EA, Whitney AM. Nucleic acid-based methods for the detection of bacterial pathogens: present and future considerations for the clinical laboratory. Clin Chim Acta 2006; 363(1-2):206-20.
Recientes avances en los métodos basados en ácidos nucleicos para detectar bacterias ofrecen una sensibilidad y una especificidad mayores que las técnicas microbiológicas tradicionales. El beneficio potencial de las pruebas basadas en ácidos nucleicos para el laboratorio clínico es el tiempo reducido de diagnóstico, un alto rendimiento y resultados exactos y confiables. Diversas pruebas de PCR e hibridación están disponibles comercialmente para la detección de organismos específicos. Más aún, cientos de pruebas de detección bacteriana basados en ácidos nucleicos han sido publicados en la literatura y han podido adaptarse para uso en instalaciones clínicas. Sin embargo, la potencial contaminación, la falta de estandarización o validación para algunos ensayos, la interpretación compleja de los resultados y el aumento en el costo son posibles limitaciones de estas pruebas y deben considerarse cuidadosamente antes de ser implementadas en el laboratorio clínico. En conclusión: existe un área principal de avance en el desarrollo de pruebas basadas en ácidos nucleicos para la detección específica y de amplio rango de patógenos bacterianos.

¿Cuál es el término?

1. Técnica in vitro para producir grandes cantidades de fragmentos específicos de ADN o ARN de longitud y secuencia definidas a partir de pequeñas cantidades de secuencias cortas flanqueadoras oligonucleótidas (primers). Los pasos esenciales incluyen desnaturalización termal de las moléculas diana de doble cadena, reasociación de los primers con sus secuencias complementarias y extensión de los primers reasociados mediante síntesis enzimática con ADN polimerasa. La reacción es eficiente, específica y extremadamente sensible. Entre los usos de la reacción está el diagnóstico de enfermedades, detección de patógenos difíciles de aislar, análisis de mutaciones, pruebas genéticas, secuenciación del ADN y el análisis de relaciones evolutivas. [Definición tomada de MeSH/DeCS].

2. Variación de la técnica anterior, en la que el cADN se hace del ARN mediante transcripción inversa. El cADN resultante se amplifica usando los protocolos estándares de la técnica anterior. [Definición tomada de MeSH/DeCS].

3. Técnica de amplificación de ADN basada en la ligación de sondas de oligonucleótidos. Las sondas son proyectadas para compatibilizar exactamente dos secuencias adyacentes de una marca específica de ADN. La reacción en cadena es repetida en tres pasos en la presencia de sonda extra: 1) desnaturación por calor de ADN de doble filamento, 2) templado de sondas para marcar ADN y 3) unión de las sondas por ADN ligasa termoestable. Después que la reacción es repetida por 20-30 ciclos se mide la producción de sondas ligadas. [Definición tomada de MeSH/DeCS].

4. Proceso isotérmico de amplificación de nucleotidos in vitro. El proceso implica la acción concomitante de una polimerasa de ADN dirigido por ARN, una ribonucleasa y una polimerasa de ARN dirigido por ADN para sintetizar grandes cantidades de secuencias de moléculas de ARN y ADN específicas. También se conoce como replicación de secuencia autosostenida. [Definición tomada de MeSH/DeCS].

5. Método de amplificación isotérmico que puede usarse como objetivo tanto de ADN como de ARN. Utiliza la transcripción de ARN (ARN polimerasa) y la síntesis de ADN (transcriptasa reversa) para producir un amplicón ARN de un ácido nucleico objetivo. Dado que el ARN es más lábil que el ADN en el ambiente del laboratorio, esta característica disminuye la posibilidad de contaminación por carry-over. El método produce 100-1000 copias por ciclo comparadas con las técnicas 1 y 3 que sólo producen 2 copias por ciclo, es decir un incremento de 10.000 millones de veces más copias en aproximadamente 15-30 minutos. [Definición traducida del artículo de Mothershed y Whitney (7)].

6. Es un sistema de amplificación de sonda isotérmica para detección del ADN objetivo que utiliza sonda quimérica ARN-ADN (secuencia de ARN flanqueada por dos secuencias de ADN) para hibridizar una región específica de un gen amplificado. Una vez hibridizada, la parte interna del ARN de la sonda es clivada por RNasa H, que reconoce específicamente el dúplex ARN-ADN. Una vez que la prueba es clivada, el tinte reportero (reporter dye) y el tinte extintor (quencher dye) de cada lado de la sonda se separan y se emite una señal fluorescente que aumenta proporcionalmente a medida que la sonda es clivada, permitiendo la medición del producto amplificado. [Definición traducida del artículo de Mothershed y Whitney (7)].

Bibliografía

En español o portugués
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En inglés
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7. Mothershed EA, Whitney AM. Nucleic acid-based methods for the detection of bacterial pathogens: present and future considerations for the clinical laboratory. Clin Chim Acta 2006; 363(1-2):206-20.
8. Pai M, Flores LL, Hubbard A, Riley LW, Colford JM Jr. Nucleic acid amplification tests in the diagnosis of tuberculosus pleuritis: a systematic review and meta-analysis. BMC Infect Dis. 2004 Feb 23;4:6.
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DECS: Descriptores en ciencias de la salud. San Pablo: BIREME, 2006.
MeSH: Medical subject headings. Bethesda: National Library of Medicine, 2006.

NOTA
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