Novedades: Definiendo términos
Secuenciación de nueva generación (next generation sequencing [NGS]), también conocida como secuenciación masiva paralela, del inglés massive parallel sequencing (MPS): Esta «nueva generación» ha logrado que el número de bases que se pueden secuenciar por el mismo costo haya crecido exponencialmente. Por tanto las nuevas plataformas se distinguen por su capacidad de secuenciar millones de fragmentos de ADN de forma paralela a un precio mucho más barato por base. Además la secuenciación masiva tiene el potencial de detectar todos los tipos de variación genómica en un único experimento, incluyendo variantes de nucleótido único o mutaciones puntuales, pequeñas inserciones y deleciones, y también variantes estructurales tanto equilibradas (inversiones y translocaciones) como desequilibradas (deleciones o duplicaciones).
El ADN se fragmenta y mediante ligación se le añaden secuencias adaptadoras a los extremos. Los fragmentos de ADN a continuación se amplifican clonalmente y se agrupan juntos (clustering) para ser utilizados como entidades a secuenciar. La secuenciación se realiza entonces alternando ciclos de terminación reversible cíclica (cyclic reversible termination [CRT]) y de toma de imágenes (imaging)
Reads (o, lecturas):
Secuencias cortas (fragmentos) producidas por el instrumento a partir de los extremos del ADN con los adaptadores
Genoteca, o, librería (library):
Es una colección de clones cada uno de los cuales contiene un vector al que se le ha insertado un fragmento de ADN derivado del ADN o el ARN totales de la célula o tejido. Con el tamaño suficiente, la colección de clones debería contener, teóricamente, todas las secuencias existentes en la fuente original de ADN, es decir, debería contener muestras de todo el ADN del organismo. Es posible buscar en la genoteca un clon con un fragmento de ADN de interés mediante métodos sensibles de detección capaces de detectar dicho fragmento entre millones de clones diferentes.
Entre los usos que se le pueden dar a una genoteca están:
• El aislamiento de secuencias y genes: punto de partida para el estudio molecular.
• La conservación del genoma: la excepcionalidad de una muestra biológica aconseja conservar su material genético (restos arqueológicos, especies en extinción, individuos con patologías únicas).
• Estudio de la secuencia genómica: conocer la secuencia completa de un genoma implica su clonación previa.
Referencias:
Rodríguez Santiago B, Armengol L. Tecnologías de secuenciación de nueva generación en diagnóstico genético pre- y postnatal. diagn prenat . 2012; 23(2):56–66
Robert L., Nussbaum; Roderick R. McInnes; Huntington F. Willard (2008). «Capítulo 4: Herramientas utilizadas por la genética molecular humana». Thompson & Thompson. Genética en Medicina (7ª edición). Barcelona: Elsevier Masson. pp. 45-47.
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